Защитата на електронната поща осигурява контрол върху получените съобщения по POP3 протокол. Чрез използване на добавката за Microsoft Outlook, ESET NOD32 Antivirus осигурява контрол на всички съобщения програмата за електронна поща (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). При анализиране на входящите съобщения програмата използва по-разширени методи за сканиране от модула за сканиране ThreatSense. Това означава, че откриването на злонамерени програми се извършва преди проверката в базата данни със сигнатури за вируси. Сканирането на комуникацията по POP3 протокол не зависи от използваната програма за електронна поща.