Glavni zadatak karantina jeste bezbedno skladištenje zaraženih datoteka. Datoteke bi trebalo postaviti u karantin ako se ne mogu očistiti, nije bezbedno ili preporučljivo izbrisati ih ili ako ne želite da ih zaštita od virusa otkriva.
Korisnik može da odabere da u karantin premesti bilo koju željenu datoteku. To se preporučuje ako se datoteka sumnjivo ponaša, ali je antivirusni skener ne otkriva. Datoteke u karantinu moguće je proslediti u ESET laboratorije za viruse na analizu.
Datoteke uskladištene u fascikli karantina mogu se prikazati u tabeli koja prikazuje datum i vreme karantina, putanju ka originalnoj lokaciji zaražene datoteke, njenu veličinu u bajtovima, razlog (koji dodaje korisnik…) i broj pretnji (npr, ako je u pitanju arhiva koja sadrži više infiltracija).