Potencijalno neželjene aplikacije nisu nužno zlonamerne, ali mogu negativno uticati na performanse računara. Takve aplikacije obično zahtevaju saglasnost da bi bile instalirane. Ako se nalaze na računaru, sistem se ponaša drugačije (u poređenju sa stanjem pre njihove instalacije). U najznačajnije promene spadaju sledeće:
- otvoreni su novi prozori koje ranije niste videli
- aktivacija i pokretanje skrivenih procesa
- povećana upotreba sistemskih resursa
- promene u rezultatima pretrage
- aplikacija komunicira sa udaljenim serverima