Zaštita klijenta e-pošte obezbeđuje kontrolu nad komunikacijom putem e-pošte primljenom preko POP3 protokola. Pomoću programskog dodatka za Microsoft Outlook, ESET NOD32 Antivirus obezbeđuje kontrolu nad svim komunikacijama sa klijenta e-pošte (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Prilikom ispitivanja dolaznih poruka, program koristi sve napredne metode skeniranja koje obezbeđuje ThreatSense mašina za skeniranje. To znači da se otkrivanje zlonamernih programa izvršava čak i pre upoređivanja sa bazom virusnih definicija. Skeniranje komunikacija POP3 protokola je nezavisno od klijenta e-pošte koji se koristi.