Standardní nastavení skeneru POP3 je režim maximální efektivity, což znamená, že všechny funkce jsou povoleny. Pokud se po instalaci antivirového systému vyskytnou problémy v komunikaci s poštovním klientem, je možné změnit nastavení kompatibility posuvníkem blíže k hodnotě maximální kompatibility. Režim zvýšené kompatibility znamená, že některé funkce skeneru nebudou k dispozici.
Maximální kompatibilita
V tomto režimu skener pouze upozorňuje na přítomnost virů, ale nijak do nich nezasahuje, což znamená, že do nich nezapisuje informace o výsledku kontroly ani neodstraňuje infikované přílohy.
Střední úroveň
Tento režim poskytuje plnou funkčnost, ale může mít nižší efektivitu z důvodu kompatibility.
Maximální efektivnost
Jde o standardní nastavení, které umožňuje bezproblémovou práci téměř se všemi e-mailovými klienty. Je-li zjištěn virus, skener ho zablokuje a zobrazí okno s možnými akcemi, jako je jeho odstranění nebo přejmenování přílohy.