Aby bylo možné záchranné CD/DVD/USB efektivně použít, je důležité zabezpečit počítač, na kterém má být použito tak, aby z něj při startu nabootoval. Tento parametr je možné měnit v nastaveních BIOSu (tzv. Boot priority). Druhou možností je vyvolat tzv. boot menu přímo při startu počítače – většinou pomocí některé z kláves F9 až F12, v závislosti od výrobce základní desky/BIOSu.
Po nabootování se spustí ESS/ENA. V tomto prostředí pochopitelně nefungují všechny druhy ochran a význam zde mají pouze položky Kontrola počítače, Aktualizace a některé části Nastavení. Schopnost aktualizovat se na nejnovější verzi virové databáze je důležitá vlastnost ESR a měla by být využitá vždy před spuštěním skenování.