Tento druh infiltrací obvykle napadá již existující soubory na disku. Pojmenován byl podle biologického viru, protože se z počítače na počítač šíří obdobným způsobem.
Počítačové viry napadají nejčastěji spustitelné soubory a dokumenty. Děje se to tak, že „tělo“ viru se k nim připojí – obvykle na konec souboru. Průběh aktivace počítačového viru je tedy zhruba následující: po spuštění napadeného souboru nejprve dojde ke spuštění připojeného viru. Ten vykoná akci, kterou má v sobě naprogramovanou. A až nakonec se ke slovu dostane původní aplikace.
Vlastní činnost aktivovaného viru může mít mnoho podob. Některé viry jsou krajně nebezpečné, protože dokáží cíleně smazat soubory z disku, na druhé straně jiné mají pouze zdůraznit zručnost svých tvůrců a uživatele spíše obtěžují, než aby způsobovaly reálnou škodu.
Je třeba říci, že viry jsou (na rozdíl od trojských koní či spywaru) v dnešní době čím dál tím vzácnější, protože jsou pro své tvůrce komerčně nezajímavé. Pojem virus se často nesprávně používá pro označení všech druhů infiltrací. V současnosti se již od tohoto pojmenování upouští a prosazuje se výstižnější a správnější společný název „škodlivý software“ (malware).
V případě infikování virem je třeba napadený soubor vrátit do původní podoby, tedy vyléčit jej pomocí antivirového systému.
Příklady virů: OneHalf, Tenga, Yankee Doodle.