E-mail-beskyttelsen kontrollerer e-mail-kommunikationen, der modtages gennem POP3-protokollen. Ved hjælp af plug-in-programmet til Microsoft Outlook kontrollerer ESET NOD32 Antivirus al kommunikation fra e-mail-klienten (POP3, MAPI, IMAP og HTTP). Ved undersøgelsen af indgående meddelelser bruger programmet avancerede scanningsmetoder, som leveres af ThreatSense-scanningsprogrammet. Det vil sige, at registreringen af skadelige programmer finder sted selv inden de findes i virussignaturdatabasen. Scanning af POP3-protokolkommunikation er uafhængig af den anvendte e-mail-klient.