Karantænens primære opgave er at lagre inficerede filer sikkert. Filer bør sættes i karantæne, hvis de ikke kan renses, hvis det ikke er sikkert eller tilrådeligt at slette dem, eller hvis de ikke vil blive registreret af antivirusbeskyttelsen.
Brugeren kan vælge at sætte en hvilken som helst fil i karantæne. Det tilrådes, hvis en fil opfører sig mistænkeligt, men ikke registreres af antivirusscanneren. Filer i karantæne kan sendes til analyse hos ESET’s viruslaboratorier.
Filer i karantænemappen kan ses i en tabel, som viser dato og klokkeslæt for karantænen, stien til den inficerede fils oprindelige placering, dens størrelse i bytes, årsag (tilføjet af bruger…) og antallet af trusler (f.eks. hvis det er et arkiv, som indeholder flere infiltrationer).