Die wichtigste Aufgabe der Quarantäne ist die sichere Speicherung infizierter Dateien. Dateien sollten in die Quarantäne verschoben werden, wenn es nicht sicher oder ratsam ist, sie zu löschen, oder wenn der Virenschutz sie nicht erkennen soll.
Es können beliebige Dateien unter Quarantäne gestellt werden. Geschehen sollte dies bei Dateien, die sich verdächtig verhalten, bei der Virenprüfung jedoch nicht erkannt werden. Dateien in Quarantäne können zur Analyse an ESET eingereicht werden.
Die Dateien im Quarantäneordner können in einer Tabelle angezeigt werden, die Datum und Uhrzeit der Quarantäne, den Pfad zum ursprünglichen Speicherort der infizierten Datei, ihre Größe in Byte, einen Grund (Hinzugefügt durch Benutzer…) und die Anzahl der Bedrohungen (z. B. bei Archiven, in denen an mehreren Stellen Schadcode erkannt wurde) enthält.