Der E-Mail-Schutz dient der Überwachung eingehender E-Mails, die mit dem POP3-Protokoll übertragen werden. Mithilfe der Plugin-Software für Microsoft Outlook stellt ESET NOD32 Antivirus Kontrollfunktionen für die gesamte E-Mail-Kommunikation (POP3, MAPI, IMAP, HTTP) bereit. Für die Prüfung eingehender Nachrichten verwendet das Programm alle erweiterten ThreatSense-Prüfmethoden. Die Erkennung von Schadcode findet also noch vor dem Abgleich mit der Signaturdatenbank statt. Die Prüfung der POP3-Kommunikation erfolgt unabhängig vom verwendeten E-Mail-Programm.