Funktsioon Võrdle võimaldab kasutajal võrrelda kahte olemasolevat logi. Selle funktsiooni tulemus on üksuste komplekt, mis ei ole ühine mõlemale logile. See on sobiv, kui soovite jälgida süsteemis toimuvaid muutusi – võite näiteks tuvastada ründetarkvara aktiivsuse.
Pärast selle käivitumist loob rakendus uue logi, mis kuvatakse uues aknas. Liikuge Fail -> Salvesta logi , et logi faili salvestada. Logifaile saab hiljem avada ja vaadata. Olemasoleva logi avamiseks kasutage menüüd Fail -> Ava logi. ESET SysInspector kuvab programmi põhiaknas korraga alati ühe logi.
Märkus
Juhul kui Te võrdlete kahte logifaili, valige Fail -> Salvesta logi ja salvestage see ZIP-failina, mõlemad failid salvestatakse. Kui Te hiljem selle faili avate, võrreldakse seal olevaid logisid automaatselt.
Kui võrdlete kahte logi, on põhimõte selles, et võrdlete hetkel aktiivset logifaili faili salvestatud logiga. Logide võrdlemiseks kasutage suvandit Fail -> Võrdle logisid ja valige Vali fail. Valitud logi võrreldakse programmi põhiaknas oleva aktiivse logiga. Tekkiv nn võrdluslogi kuvab ainult nende kahe logi erinevused.
Kuvatud üksuste kõrval näitab SysInspector sümboleid, mis tuvastavad võrreldud logide vahelisi erinevusi.
Sümboliga 
tähistatud üksuseid võib leida ainult aktiivses logis ja neid ei ole avatud võrdluslogis. Sümboliga 
tähistatud üksused on olemas ainult avatud logis ja puuduvad aktiivses logis.
Kõigi sümbolite kirjeldus, mis võivad üksuste kõrval kuvatud olla:
uus väärtus, seda ei olnud eelnevas logis
puu struktuuri jaotis sisaldab uusi väärtusi
eemaldatud väärtus, on olemas ainult eelnevas logis
puu struktuuri jaotis sisaldab eemaldatud väärtusi
väärtust/faili on muudetud
puu struktuuri jaotis sisaldab muudetud väärtusi/faile
riski tase on vähenenud / see oli eelmises logis suurem
riski tase on suurenenud / see oli eelmises logis väiksem
Vasakus allnurgas kuvatav selgituste jaotis kirjeldab kõiki sümboleid ja kuvab ka võrreldud logide nimed.
Kõiki võrdluslogisid saab faili salvestada ja hiljem avada.
Näide:
looge ja salvestage logi, mis salvestab algset teavet süsteemi kohta, failina nimega previous.xml. Pärast süsteemis tehtud muudatusi avage SysInspector ja laske luua uus logi. Salvestage see failina nimega current.xml.
Et jälitada nende kahe logi vahelisi muutusi, minge Fail -> Võrdle logisid. Programm loob võrdluslogi, mis näitab kahe logi vahelisi erinevusi.
Sama tulemus on võimalik saada järgmise käsuga käsureal:
SysIsnpector.exe current.xml previous.xml