Failisüsteemi reaalajaline kaitse kontrollib kõiki viirusetõrjega seotud sündmusi süsteemis. Kõigis failides kontrollitakse ründeprogrammi olemasolu kohe nende avamisel, loomisel või käivitamisel. Failisüsteemi reaalajaline kaitse aktiveeritakse süsteemi käivitamisel.