Mahdollisesti ei-toivottuja sovelluksia ei ole välttämättä tarkoitettu haitallisiksi, mutta ne saattavat heikentää tietokoneen suorituskykyä. Näiden sovelluksien asentaminen vaatii yleensä käyttäjän suostumuksen. Jos tietokoneessa on tällaisia sovelluksia, järjestelmä ei toimi samalla tavoin kuin ennen sovelluksen asentamista. Esimerkkejä muutoksista:
- Uusien ikkunoiden avautuminen näyttöön
- Piilotettujen prosessien aktivointi ja suorittaminen
- Järjestelmäresurssien lisääntynyt käyttöaste
- Hakutuloksien muuttuminen
- Sovelluksen muodostamat yhteydet palvelimiin.