Karanteenin tärkeimpänä tehtävänä on toimia tartunnan saaneiden tiedostojen turvallisena säilytyspaikkana. Tiedostot kannattaa lisätä karanteeniin, jos niitä ei voi puhdistaa, jos niiden poistaminen ei ole turvallista tai suositeltavaa tai jos virustentorjuntaohjelman ei haluta havaitsevan niitä.
Käyttäjä voi lisätä karanteeniin minkä tiedoston tahansa. Tämä on suositeltavaa, jos tiedosto käyttäytyy epäilyttävästi, mutta virustentorjuntaohjelma ei havaitse sitä. Karanteenissa olevat tiedostot voidaan lähettää analysoitavaksi ESETin viruslaboratorioon.
Karanteenikansiossa olevia tiedostoja voidaan tarkastella taulukossa, jossa näkyvät karanteeniin lisäämisen päivämäärä ja kellonaika, tartunnan saaneen tiedoston alkuperäisen sijainnin polku, tiedoston koko tavuina, syy (lisännyt käyttäjä…), ja uhkien määrä (esim. onko kyseessä arkisto, jossa on useita virustartuntoja).