Viruksen tartuttamat tai epäilyttävät tiedostot tallennetaan karanteenikansioon vaarattomassa muodossa. Tiedostojärjestelmän suojausmoduuli asettaa kaikki luodut ja muokatut epäilyttävät tiedostot karanteeniin oletusarvoisesti, mutta voit asettaa minkä tahansa haluamasi tiedoston karanteeniin. Karanteenissa olevat tiedostot voidaan palauttaa alkuperäiseen sijaintiinsa tai mihin tahansa valitsemaasi sijaintiin. Voit tehdä tiedostoille seuraavia tehtäviä napsauttamalla karanteenissa olevaa kohdetta hiiren kakkospainikkeella Karanteeni-ikkunassa: lisää, palauta, palauta uuteen sijaintiin, palauta ja ohita tarkistuksesta, poista tai lähetä ESETin laboratorioon analysoitavaksi.