Sähköpostin suojaustoiminto mahdollistaa POP3-protokollan välityksellä vastaanotetun sähköpostiliikenteen tarkkailun. Microsoft Outlook -laajennuksen avulla ESET NOD32 Antivirus voi tarkkailla kaikkea sähköpostiliikennettä (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Saapuvien viestien tarkistuksessa käytetään kaikkia ThreatSense-tarkistusmoduulin kehittyneitä tarkistustapoja. Se tarkoittaa, että haitalliset ohjelmat voidaan havaita jo ennen kuin ne on lisätty virusmääritystietokantaan. POP3-liikenteen tarkistaminen ei ole riippuvainen käytetystä sähköpostisovelluksesta.