Glavni je zadatak karantene sigurno pohranjivanje zaraženih datoteka. Datoteke treba poslati u karantenu ako ih nije moguće očistiti, ako ih nije sigurno ili preporučljivo izbrisati ili ako ih nije moguće otkriti pomoću antivirusne zaštite.
Korisnik može staviti u karantenu bilo koju datoteku. To se savjetuje ako se neka datoteka ponaša sumnjivo, a skener virusa nije je otkrio. Datoteke iz karantene moguće je poslati na analizu u laboratorije za viruse tvrtke ESET.
Datoteke pohranjene u mapu karantena moguće je pregledavati u tablici koja prikazuje datum i vrijeme stavljanja u karantenu, put do izvornog mjesta zaražene datoteke, njezinu veličinu u bajtovima, razlog (koji dodaje korisnik…) te broj prijetnji (ako se, na primjer, radi o arhivu koji sadrži više infiltracija).