Rezidentna zaštita datotečnog sustava u sustavu nadzire sve događaje povezane s antivirusnom zaštitom. U svim se datotekama skeniranjem provjerava postojanje zlonamjernog koda u trenutku njihova otvaranja, stvaranja ili pokretanja na računalu. Rezidentna zaštita datotečnog sustava pokreće se prilikom pokretanja računala.