Zaštita e-pošte omogućuje nadzor komunikacije e-poštom koja se prima putem protokola POP3. Uz dodatni program za Microsoft Outlook program ESET NOD32 Antivirus omogućuje nadzor sve komunikacije iz klijenta e-pošte (POP3, MAPI, IMAP i HTTP). Prilikom skeniranja dolaznih poruka program koristi sve napredne metode skeniranja kojima raspolaže sustav za skeniranje ThreatSense. To znači da se otkrivanje zlonamjernih programa odvija i prije usporedbe s bazom podataka virusnih potpisa. Skeniranje komunikacija POP3 protokolom ne ovisi o korištenom klijentu e-pošte.