Az Összehasonlítás szolgáltatás lehetővé teszi a felhasználónak, hogy összehasonlítson két meglévő naplót. A szolgáltatás megjeleníti azokat az elemeket, amelyek egyik naplóban sem gyakoriak. Akkor érdemes használni, ha nyomon szeretné követni a változásokat a rendszerben – felismerheti például a kártékony kódok tevékenységét.
Elindítását követően az alkalmazás létrehoz egy új naplót, amely új ablakban jelenik meg. Ha a naplót fájlba szeretné menteni, válassza a Fájl -> Napló mentése parancsot. A naplófájlokat később megnyithatja és megtekintheti. Meglévő napló a Fájl -> Napló megnyitása parancsával nyitható meg. A program főablakában az ESET SysInspector egyszerre mindig egy naplót jelenít meg.
Megjegyzés
Két naplófájl összehasonlítása esetén válassza a Fájl -> Napló mentése parancsot, és mentse a fájlt ZIP-fájlként. Ekkor a program mindkét fájlt menti. Ha később megnyit egy ilyen fájlt, a program automatikusan összehasonlítja a benne található naplókat.
Két napló összehasonlításakor alapelv, hogy a jelenleg aktív naplót egy fájlba mentett naplóhoz hasonlítja. A naplók összehasonlításához mutasson a Fájl -> Naplók összehasonlítása menüpontra, majd válassza a Fájl kijelölése parancsot. A program összehasonlítja a kijelölt naplót a fő programablakokban lévő aktív naplóval. A létrejövő úgynevezett összehasonlítási napló csak a két napló közötti különbségeket jeleníti meg.
A megjelenített elemek mellett a SysInspector feltünteti az összehasonlított naplók közötti különbségeket azonosító jeleket.
jel azonosítja azokat az elemeket, amelyek csak az aktív naplóban találhatók meg, és nem szerepeltek a megnyitott összehasonlítási naplóban. 
jel azonosítja azokat az elemeket, amelyeket csak a megnyitott napló tartalmazott, az aktív naplóból hiányoznak.
Az elemek mellett látható jelek magyarázata:
új érték, nem szerepel az előző naplóban
a fastruktúra rész új értékeket tartalmaz
eltávolított érték, csak a korábbi naplóban szerepel
a fastruktúra rész eltávolított értékeket tartalmaz
érték/fájl megváltozott
a fastruktúra rész módosított értékeket/fájlokat tartalmaz
a kockázati szint csökkent/az előző naplóban magasabb volt
a kockázati szint nőtt/az előző naplóban alacsonyabb volt
A bal alsó sarokban látható magyarázó rész ismerteti az összes szimbólumot, és megjeleníti az összehasonlított naplók nevét.
Minden összehasonlító napló egy fájlba menthető, és később megnyitható.
Példa:
Hozzon létre és mentsen egy naplót, amelyben a rendszerre vonatkozó eredeti információkat rögzíti egy előző.xml nevű fájlba. A rendszeren végzett módosításokat követően nyissa meg a SysInspector eszközt, és engedélyezze egy új napló létrehozását. Mentse azt egy jelenlegi.xml nevű fájlba.
A két napló közötti változások nyomon követéséhez válassza a Fájl -> Naplók összehasonlítása parancsot. A program létrehozza a naplók közötti különbségeket megjelenítő összehasonlító naplót.
Ugyanaz az eredmény érhető el az alábbi parancssori kapcsoló használata esetén:
SysIsnpector.exe jelenlegi.xml előző.xml