A karantén fő feladata a fertőzött fájlok biztonságos tárolása. A fájlokat akkor kell a karanténba helyezni, ha nem lehet azokat megtisztítani, ha törlésük kockázattal jár vagy nem ajánlott, illetve ha a felhasználó nem szeretné, ha a vírusvédelem észlelné az adott fájlokat.
A karanténba helyezhető fájlok típusa nem korlátozott. Akkor érdemes karanténba helyezni a szóban forgó fájlt, ha annak viselkedése gyanús, de nem észleli a víruskereső. A karanténba helyezett fájlok elküldhetők az ESET víruslaborjainak.
A karanténmappában lévő fájlokat egy táblázat jeleníti meg, amelyben látható a karanténba helyezés dátuma és időpontja, a fertőzött fájl eredeti helyének elérési útja, a fájl bájtban megadott mérete, a karanténba helyezés (felhasználó által megadott) oka, és a fertőzések száma (például az, hogy egy több fertőzést is hordozó tömörített fájlról van-e szó).