A karantén mappában a vírusos vagy gyanús fájlokat tárolja a program olyan formában, hogy azok ne tehessenek kárt a számítógépben. A rezidens védelmi modul alapértelmezés szerint karanténba helyezi az összes új keletű vagy módosított gyanús fájlt, de bármely fájl karanténba helyezhető. A karanténba helyezett fájlok később visszaállíthatók eredeti helyükre vagy bármely tetszőleges helyre. A Karantén ablakban bármely objektumra a jobb gombbal kattintva a következő műveleteket végezheti el a fájlokon: hozzáadás, visszaállítás, visszaállítás egy új helyre, visszaállítás és kizárás az ellenőrzésből, törlés vagy elemzésre küldés az ESET víruslaborjába.
