Az e-mail védelem biztosítja a POP3 protokollon keresztül érkező e-mail kommunikáció szabályozását. A Microsoft Outlook alkalmazásba beépülő modul segítségével az ESET NOD32 Antivirus a levelezőprogramtól érkező minden kommunikáció ellenőrzésére képes (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). A bejövő üzenetek vizsgálatakor a program a ThreatSense keresőmotor által biztosított összes kiterjesztett ellenőrzési módszert alkalmazza. Ez azt jelenti, hogy a kártékony programok észlelése még azelőtt megtörténik, hogy a program összevetné azokat a vírusdefiníciós adatbázissal. A POP3 protokollon keresztüli kommunikáció ellenőrzése nem függ a beépülő modultól, ez minden levelezőprogram esetén megtörténik.