Het POP3-protocol is het meest wijdverbreide protocol dat wordt gebruikt voor het ontvangen van e-mailcommunicatie in een e-mailclienttoepassing. ESET NOD32 Antivirus biedt beveiliging van dit protocol ongeacht de gebruikte e-mailclient.
De module die deze controle verzorgt, wordt automatisch geïnitieerd bij het opstarten van het besturingssysteem en is vervolgens actief in het geheugen. De module werkt alleen goed als deze is ingeschakeld. POP3-controle wordt automatisch uitgevoerd zonder dat de e-mailclient opnieuw moet worden geconfigureerd. Standaard wordt alle communicatie op poort 110 gescand, maar andere communicatiepoorten kunnen zo nodig worden toegevoegd. Poortnummers moeten van elkaar worden gescheiden door een komma.