In de map Quarantaine worden geïnfecteerde of verdachte bestanden in onschadelijke vorm opgeslagen. Standaard worden alle verdachte bestanden (zowel nieuwe als gewijzigde) door de lokale beveiligingsmodule in quarantaine geplaatst, maar u kun elk gewenst bestand in quarantaine plaatsen. In quarantaine geplaatste bestanden kunnen later worden teruggezet op hun oorpspronkelijke locatie of op een andere door u gekozen locatie. Klik in het venster Quarantaine met de rechtermuisknop op een in quarantaine geplaatst object om de volgende bewerkingen op de bestanden uit te voeren: toevoegen, terugzetten, terugzetten op een nieuwe locatie, terugzetten en uitsluiten van detectie, verwijderen of voor analyse naar het ESET-laboratorium verzenden.