De hoofdtaak van de quarantaine is het veilig opslaan van geïnfecteerde bestanden. Bestanden moeten in quarantaine worden geplaatst als zij niet kunnen worden opgescoond, als het niet veilig of raadzaam is om deze te verwijderen of als zij niet zouden moeten worden gedetecteerd door de antivirusbeveiliging.
De gebruiker kan ervoor kiezen elk gewenst bestand in quarantaine te plaatsen. Dit is raadzaam als een bestand zich verdacht gedraagt maar niet wordt gedetecteerd door de antivirusscanner. In quarantaine geplaatste bestanden kunnen voor analyse naar de viruslaboratoria van ESET worden verzonden.
Bestanden die zijn opgeslagen in de quarantainemap kunnen worden bekeken in een tabel waarin de datum en het tijdstip van de quarantaine, het pad naar de oorspronkelijke locatie van het geïnfecteerde bestand, de grootte van het bestand in bytes, de reden (toegevoegd door gebruiker…) en het aantal bedreigingen (bijvoorbeeld of het een archief is dat meerdere infiltraties bevat) wordt weergegeven.