Karantenemappen er stedet der infiserte eller mistenkelige filer blir lagret i et godartet format. Den innebygde beskyttelsesmodulen legger som standard alle nyopprettede og endrede mistenkelige filer i karantene, men du kan legge hvilke filer du vil i karantene. Filer i karantene kan senere gjenopprettes til deres opprinnelige plassering eller til en plassering du velger. Høyreklikk på et element i karantene i Karantene-vinduet for å utføre følgende handlinger med filene: legge til, gjenopprette, gjenopprette til ny plassering, fjerne og utelukke fra gjenkjenning, fjerne eller sende til ESETs laboratorium for analyse.
