Hovedoppgaven til karantenen er å lagre infiserte filer på en trygg måte. Filer bør legges i karantene hvis de ikke kan renses, hvis det ikke er trygt eller anbefalt å slette dem eller hvis de ikke skal gjenkjennes av virusbeskyttelsen.
Brukeren kan velge å legge en hvilken som helst fil i karantene. Dette anbefales hvis en fil oppfører seg mistenkelig, men ikke oppdages av virusskanneren. Filer som er lagt i karantene, kan sendes til ESETs viruslaboratorier for analyse.
Filer som er lagret i karantenemappen kan vises i en tabell som viser dato og tidspunkt for karantenen, banen til den opprinnelige plasseringen av den infiserte filen, størrelse i byte, årsak (lagt til av bruker…), og antall trusler (for eksempel hvis det er et arkiv som inneholder flere infiltrasjoner).