E-postbeskyttelse gir kontroll over e-postkommunikasjon mottatt gjennom POP3-protokollen. Med plugin-programmet for Microsoft Outlook gir ESET NOD32 Antivirus kontroll over all kommunikasjon fra e-postklienten (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Ved undersøkelse av innkommende meldinger bruker programmet alle avanserte skannemetoder i ThreatSense-skannemotoren. Dette betyr at gjenkjennelse av skadelige programmer finner sted selv før de blir matchet mot virussignaturdatabasen. Skanning av kommunikasjon med POP3-protokoll er ikke avhengig av e-postklienten som blir brukt.