W ramach ochrony poczty e-mail sprawdzana jest komunikacja przychodząca za pośrednictwem protokołu POP3. Przy użyciu dodatku dla aplikacji Microsoft Outlook program ESET NOD32 Antivirus zapewnia sprawdzanie całej komunikacji realizowanej przez klienta poczty e-mail (za pośrednictwem protokołów POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Podczas analizowania wiadomości przychodzących program stosuje wszystkie zaawansowane metody skanowania udostępniane przez technologię skanowania ThreatSense. Dzięki temu szkodliwe programy są wykrywane, nawet zanim zostaną porównane z bazą danych sygnatur wirusów. Skanowanie komunikacji za pośrednictwem protokołu POP3 odbywa się niezależnie od używanego klienta poczty e-mail.