Integracja programu ESET Smart Security z klientami poczty e-mail zwiększa poziom aktywnej ochrony przed szkodliwym kodem w wiadomościach e-mail. Po włączeniu integracji program ESET Smart Security kontroluje połączenia klienta poczty e-mail, zapewniając skuteczniejszą ochronę komunikacji za pośrednictwem poczty e-mail. Dostęp do ustawień integracji można uzyskać, klikając kolejno opcje Ustawienia > Otwórz całe drzewo ustawień zaawansowanych… > Inne > Integracja z programami pocztowymi. Obsługiwane obecnie programy pocztowe to między innymi programy Microsoft Outlook, Outlook Express, Windows Mail, Windows Live Mail i Mozilla Thunderbird. Można je aktywować, wybierając opcję pożądanego klienta poczta e-mail.
Opcję Wyłącz sprawdzanie po zmianie zawartości skrzynki odbiorczej należy zaznaczyć, jeśli system działa wolniej niż zwykle podczas pracy z klientem poczty e-mail. Może to mieć miejsce podczas pobierania poczty z Kerio Outlook Connector Store.