Skanowanie niestandardowe stanowi optymalne rozwiązanie, jeśli użytkownik chce sam określić parametry skanowania, takie jak skanowane obiekty i metody skanowania. Zaletą skanowania niestandardowego jest możliwość szczegółowej konfiguracji parametrów. Konfiguracje można zapisywać w postaci tzw. profili skanowania. Profile te są szczególnie przydatne, jeśli skanowanie jest wykonywane wielokrotnie z zastosowaniem tych samych parametrów zdefiniowanych przez użytkownika.
Aby wybrać obiekty skanowania, należy użyć menu rozwijanego umożliwiającego szybki wybór obiektów lub wybrać je w strukturze drzewa zawierającej wszystkie urządzenia dostępne w komputerze. Ponadto po kliknięciu kolejno opcji Ustawienia > Leczenie można wybrać jeden z trzech dostępnych poziomów leczenia. Jeśli użytkownik chce tylko przeskanować system bez wykonywania dodatkowych działań, należy zaznaczyć opcję Skanuj bez leczenia.
Skanowanie komputera w trybie skanowania niestandardowego jest przeznaczone dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają już doświadczenie w posługiwaniu się programami antywirusowymi.