Do folderu kwarantanny trafiają — w formie zaszyfrowanej — zainfekowane i podejrzane pliki. Moduł ochrony rezydentnej domyślnie poddaje kwarantannie wszystkie podejrzane nowo utworzone i zmodyfikowane pliki, ale użytkownik może też wskazać inne pliki. Pliki poddane kwarantannie można przenieść do ich pierwotnej lokalizacji lub do dowolnego innego folderu. Klikając prawym przyciskiem myszy dowolny obiekt w oknie Kwarantanna, można go dodać, przywrócić (do oryginalnej lub nowej lokalizacji), usunąć lub przesłać do analizy w laboratorium firmy ESET.