Aplikacje potencjalnie niepożądane nie musiały być świadomie projektowane w złych intencjach, ale ich stosowanie może w jakimś stopniu obniżać wydajność komputera. Zainstalowanie takiej aplikacji zazwyczaj wymaga zgody użytkownika. Po zainstalowaniu programu z tej kategorii zachowanie systemu jest inne niż przed instalacją. Najbardziej mogą się rzucać w oczy następujące zmiany:
- otwieranie nowych, nieznanych okien;
- aktywowanie i uruchamianie ukrytych procesów;
- zwiększone wykorzystanie zasobów systemowych;
- zmiany w wynikach wyszukiwania;
- łączenie się aplikacji z serwerami zdalnymi.