A principal tarefa da quarentena é armazenar com segurança os arquivos infectados. Os arquivos devem ser colocados em quarentena se não puderem ser limpos, se não for seguro nem aconselhável excluí-los ou se eles não devem ser detectados pela proteção antivírus.
O usuário pode escolher colocar em quarentena qualquer arquivo que ele ou ela desejar. É aconselhável colocar um arquivo em quarentena se ele se comportar de modo suspeito, mas não for detectado pelo verificador antivírus. Os arquivos colocados em quarentena podem ser enviados aos laboratórios do ESET para análise.
Os arquivos armazenados na pasta de quarentena podem ser visualizados em uma tabela que exibe a data e o horário da quarentena, o caminho para o local original do arquivo infectado, o tamanho do arquivo em bytes, a razão (adicionado pelo usuário…) e o número de ameaças (por exemplo, se ele for um arquivo que contém diversas ameaças).