A proteção de e-mail fornece controle da comunicação por e-mail recebida via protocolo POP3. Com o plug-in para Microsoft Outlook, o ESET NOD32 Antivírus permite controlar todas as comunicações vindas através do cliente de e-mail (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Ao verificar as mensagens de entrada, o programa usa todos os métodos de rastreamento avançado fornecidos pelo mecanismo de rastreamento ThreatSense. Isto significa que a detecção de programas maliciosos é realizada até mesmo antes dos mesmos serem comparados com a base de dados de assinaturas de vírus. O rastreamento das comunicações via protocolo POP3 é independente do cliente de e-mail utilizado.