Sarcina principală a carantinei este stocarea în siguranţă a fişierelor infectate. Fişierele trebuie plasate în carantină dacă nu pot fi curăţate, dacă ştergerea acestora nu prezintă siguranţă sau nu este recomandată sau dacă acestea nu trebuie să fie detectate de protecţia antivirus.
Utilizatorul poate alege să plaseze în carantină orice fişier doreşte. Acest lucru se recomandă în cazul în care un fişier se comportă suspect, dar nu este detectat de scanner-ul antivirus. Fişierele plasate în carantină pot fi trimise pentru analiză către laboratoarele ESET de viruşi.
Fişierele stocate în directorul carantinei pot fi vizualizate într-un tabel care afişează data şi ora plasării în carantină, calea către locaţia iniţială a fişierului infectat, dimensiunea acestora exprimată în octeţi, motivul (adăugat de utilizatorul…), şi numărul de ameninţări (de exemplu dacă există o arhivă care conţine mai multe infiltrări).