Protecţia email oferă controlul asupra comunicării prin mesaje email primite prin protocolul POP3. Utilizând programul insert pentru Microsoft Outlook, ESET NOD32 Antivirus oferă controlul asupra tuturor comunicărilor din clientul de email (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). La examinarea mesajelor la intrare, programul utilizează toate metodele de scanare avansată oferite de motorul de scanare ThreatSense. Acest lucru înseamnă că detectarea programelor dăunătoare are loc chiar înainte de a fi comparate cu baza de semnături. Scanarea comunicărilor prin protocolul POP3 se face independent de clientul de email folosit.