POP3 protokol je najrozšírenejší protokol slúžiaci na príjem emailovej komunikácie prostredníctvom poštového klienta. ESET NOD32 Antivírus zabezpečuje ochranu tohto protokolu nezávisle od používaného klienta.
Modul zabezpečujúci kontrolu sa zavádza pri štarte operačného systému a počas celej doby je zavedený v pamäti. Pre správne fungovanie stačí skontrolovať či je modul zapnutý a kontrola POP3 protokolu je vykonávaná automaticky bez potreby konfigurácie poštového klienta. Štandardne je kontrolovaná komunikácia na porte 110 v prípade komunikácie je možné pridať používaný port. Čísla portov sa oddeľujú čiarkou.