Rezidentná ochrana je kľúčovým modulom zabezpečujúcim ochranu počítača. Preto pri zmenách nastavení treba byť obozretný. Rezidentnú ochranu odporúčame meniť len v špecifických prípadoch, napríklad pri konflikte s určitou aplikáciou, alebo rezidentnou ochranou iného antivírusového programu.
Po inštalácií ESET NOD32 Antivírus sú nastavenia prednastavené tak aby zabezpečovali užívateľovi maximálnu bezpečnosť systému. Štandardné nastavenia je možné obnoviť tlačidlom Štandardné, ktoré sa nachádza v okne nastavení rezidentnej ochrany.