Pri štandardnom nastavení je POP3 skener nastavený v režime maximálna efektívnosť, čo znamená, že je umožnená všetka jeho funkcionalita. Ak sa po inštalácii antivírusového systému vyskytnú problémy pri komunikácii s poštovým klientom, je možné zmeniť nastavenie kompatibility posúvacím prvkom bližšie k voľbe maximálna kompatibilita. Režim zvýšenej kompatibility znamená, že niektoré funkcie skenera nebudú k dispozícii.
Maximálna kompatibilita
V tomto režime skener iba upozorňuje na prítomnosť vírusov, nijakým spôsobom však do nich nezasahuje, tj. nezapisuje do nich informáciu o výsledku kontroly a ani neodstraňuje infikované prílohy.
Stredná úroveň
Tento režim ponúka plnú funkcionalitu, avšak jeho efektívnosť môže byť nižšia z dôvodu kompatibility.
Maximálna efektívnosť
Táto voľba je nastavená štandardne a umožňuje bezproblémovú prácu s takmer všetkými emailovými klientami. Ak sa deteguje vírus, skener ho zablokuje a zobrazí okno s možnými akciami ako je zmazanie, resp. premenovanie prílohy.