Hlavnou úlohou karantény je bezpečné uchovanie infikovaných súborov. Vo väčšine prípadov sa môže jednať o súbory pre ktoré neexistuje liečenie, nie je isté či je bezpečné ich zmazať, prípadne sa jedná o nesprávnu detekciu antivírovej ochrany.
Súbory do karantény môžu byť pridané aj samotným užívateľom. Môže sa tak udiať napríklad v prípade že súbor nie je detegovaný antivírusovým skenerom a má podozrivé správanie. Súbory z karantény môžu byť zaslané na analýzu do vírusového laboratória spoločnosti ESET.
Súbory uložené v karanténe môžete vidieť v prehľadnej tabuľke, kde sú informácie o dátume a čase pridania súboru do karantény, cesta k pôvodnému umiestneniu súboru, jeho dĺžka v bytoch, dôvod (pridaný používateľom,…), počet infiltrácii (napr. ak archív obsahoval viac infikovaných súborov).