Tento druh infiltrácií napáda zvyčajne už existujúce súbory na disku. Označenie dostal podľa biologického vírusu, pretože sa podobným spôsobom šíri z počítača na počítač.
Počítačové vírusy napádajú najčastejšie spustiteľné súbory a dokumenty. Deje sa to tak, že „telo“ vírusu sa k nim pripojí – zväčša na koniec súboru. Priebeh aktivácie počítačového vírusu je teda zhruba nasledovný: po spustení napadnutého súboru dôjde najprv k spusteniu pripojeného vírusu. Ten vykoná akciu, ktorú má v sebe naprogramovanú. A až nakoniec sa k slovu dostane pôvodná aplikácia.
Samotná činnosť aktivovaného vírusu môže mať mnoho podôb. Niektoré vírusy sú krajne nebezpečné, pretože dokážu cielene zmazať súbory z disku, iné na druhej strane len majú zdôrazniť zručnosť svojich tvorcov a skôr iba užívateľa obťažujú, ako by mali spôsobiť reálnu škodu.
Je potrebné podotknúť, že vírusy sú (oproti napr. trójskym koňom alebo spyware) v dnešnej dobe čím ďalej tým zriedkavejšie, pretože sú pre tvorcov komerčne nezaujímavé. Pojem vírus sa často nesprávne používa na označenie všetkých druhov infiltrácií. V súčasnosti sa od toho upúšťa a presadzuje sa výstižnejší a správnejší súhrnný termín „škodlivý software“ (malware).
V prípade infekcie vírusom je potrebné napadnutý súbor vrátiť do pôvodnej podoby, teda vyliečiť pomocou antivírusového systému.
Príklady vírusov: OneHalf, Tenga, Yankee Doodle.