Aktualizácia vírusových databáz a programových komponentov je dôležitá súčasť na zabezpečenie komplexnej ochrany pred škodlivým kódom. Jej nastaveniu a funkčnosti preto treba venovať zvýšenú pozornosť. Po kliknutí na voľbu Aktualizácia v hlavnom menu sa rozvinie aktualizačné okno v pravej časti obrazovky. Aktualizovať vírusovú databázu prinúti ESET NOD32 Antivírus skontrolovať dostupnosť novšej databázy okamžite po stlačení. Nastaviť meno a heslo… umožňuje nastaviť meno a heslo dodané spoločnosťou ESET pre aktualizáciu produktu. Autorizačné údaje je možné nastaviť už počas inštalácie ESET NOD32 Antivírus.
V pokročilých nastaveniach (dostupné po stlačení klávesy F5) sú ďalšie podrobné nastavenia aktualizácie. Položku Aktualizačný server je vhodné nastaviť na Automaticky vybrať server. V tejto časti sa nachádza tlačidlo Nastaviť, ktoré umožňuje nastaviť podrobnejšie možnosti aktualizácie, ako nastavenie módu aktualizácie, prístup cez proxy server, prístupu k aktualizácií v lokálnom mirrore a vytvárania kópie aktualizácie (vo verzii ESET NOD32 Antivírus Business Edition). Popis uvedených nastavení sa nachádza v časti Pokročilé nastavenia aktualizácie.