Glavna naloga karantene je, da varno shrani okužene datoteke. Datoteke dodajte v karanteno, če jih ne morete očistiti, če jih ni varno ali priporočljivo izbrisati ali če jih ne sme zaznati protivirusna zaščita.
Uporabnik lahko v karanteno doda poljubno datoteko. To je priporočljivo, če se datoteka sumljivo vede, vendar je protivirusni program med pregledom ne zazna. Datoteke v karanteni lahko pošljete v ESET-ove laboratorije v analizo.
Datoteke, shranjene v mapi karantene, si lahko ogledate v tabeli, v kateri sta prikazana datum in čas karantene, pot do izvirnega mesta okužene datoteke, njeno velikost v bajtih, razlog (dodal uporabnik …) in število groženj (če gre na primer za arhiv z več infiltracijami).