Sprotna zaščita datotečnega sistema nadzira vse dogodke v sistemu, ki so povezani s protivirusno zaščito. Program v vseh datotekah preveri, ali je v njih takrat, ko se v računalniku odpirajo, ustvarijo ali zaženejo, zlonamerna koda. Sprotna zaščita datotečnega sistema se zažene ob zagonu sistema.