Zaščita e-pošte zagotavlja nadzor nad e-poštno komunikacijo prek protokola POP3. Z uporabo vtičnika za Microsoft Outlook protivirusni program ESET NOD32 Antivirus zagotavlja nadzor nad vso komunikacijo iz e-poštnega odjemalca (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Pri pregledovanju dohajajočih sporočil program uporabi vse napredne načine pregledovanja, ki jih zagotavlja orodje za pregledovanje ThreatSense. To pomeni, da program zazna zlonamerne programe, še preden se ti primerjajo s podatki v zbirkah virusnih definicij. Pregledovanje komunikacije protokola POP3 je neodvisno od uporabljenega e-poštnega odjemalca.