Skydd av e-post gör det möjligt att kontrollera e-postkommunikation som sker med POP3-protokollet. Med plugin-programmet för Microsoft Outlook kan ESET NOD32 Antivirus ge användaren kontroll över alla typer av kommunikation från e-postklienten (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). När inkommande meddelanden undersöks använder programmet alla avancerade genomsökningsmetoder i genomsökningsmotorn ThreatSense. Det innebär att identifiering av skadliga program sker till och med innan de matchas mot virussignaturdatabasen. Genomsökning av kommunikation med POP3-protokollet är oberoende av vilken e-postklient som används.