POP3-protokollet är det mest spridda protokollet som används till att ta emot e-postkommunikation i en e-postklient. ESET NOD32 Antivirus skyddar detta protokoll oavsett vilken e-postklient som används.
Modulen som ger denna kontroll startas automatiskt när operativsystemet startas och finns därefter aktiv i minnet. Om modulen ska kunna fungera korrekt måste den vara aktiverad. POP3-kontroll utförs automatiskt utan att e-postklienten behöver konfigureras om. Som standard genomsöks all kommunikation på port 110, men det går att lägga till andra kommunikationsportar om det behövs. Portnummer måste avgränsas med kommatecken.